厌氧反应器它相似由二层UASB反应器串联而成。按功能划分，反应器由下而上共分为5个区：混合区、一厌氧区、二厌氧区、沉淀区和气液分离区。
  混合区：反应器底部进水、颗粒污泥和气液分离区回流的泥水混合物有用地在此区混合。
  一厌氧区：混合区形成的泥水混合物进入该区，在高浓度污泥作用下，大部分有机物转化为气体。混合液上升流和气体的剧烈扰动使该反应区内污泥呈膨胀和流化状态，加强了泥水表面接触，污泥由此而保持着高的活性。随着气体产量的增多，一部分泥水混合物被气体上升至顶部的气液分离区。
  厌氧反应器气液分离区：被上升的混合物中的气体在此与泥水分离并导出处理系统，泥水混合物则沿着回流管返回到下端的混合区，与反应器底部的污泥和进水充分混合，实现了混合液的循环。
  二厌氧区：经一厌氧区处理后的废水，除一部分被气体上升外，其余的都通过三相分离器进入二厌氧区。该区污泥浓度较低，且废水中大部分有机物已在一厌氧区被降解，因此气体产生量较少。气体通过管导入气液分离区，对二厌氧区的扰动很小，这为污泥的停留提供了有利条件。
  沉淀区：二厌氧区的泥水混合物在沉淀区进行固液分离，上清液由出水管排走，沉淀的颗粒污泥返回二厌氧区污泥床。
  从IC反应器工作原理中可见，反应器通过二层三相分离器来实现SRT>HRT，获得高污泥浓度；通过大量气体和内循环的剧烈扰动，使泥水充分接触，获得良好的传质效果。