在厌氧反应器中，有时会出现大量泡沫的问题。这些泡沫呈现出半液态半固态的状态，严重时甚至可以充满整个气相空间，甚至被带入沼气管道，从而给沼气系统的正常运行带来很大的困扰。

泡沫产生的主要原因在于厌氧系统运行的稳定性不足。当反应器内的温度出现波动或者负荷发生突变等情况时，系统的不稳定性会增加，进而导致CO2的产量激增。而CO2含量的增加，正是形成泡沫的关键因素。如果能够及时排除这些影响系统稳定运行的因素，泡沫现象也往往会随之消失。

另外，进水中含有蛋白质也是导致泡沫产生的一个重要原因。同时，微生物在新陈代谢过程中也会产生一些中间产物，这些产物会降低水的表面张力，从而生成气泡。在厌氧污泥培养初期，由于CO2产量大而甲烷产量少，也会出现泡沫。但随着甲烷菌的培养成熟，CO2产量减少，泡沫也会逐渐消失。

除此之外，碳酸钙(CaCO3)沉淀和鸟粪石(MgNH4PO4)沉淀也是需要注意的问题。处理废水时钙含量的增高或者利用石灰补充碱度，都可能增加碳酸钙沉淀的风险。而当进水中含有较高浓度的溶解性正磷酸盐、氨氮和镁离子时，鸟粪石沉淀也可能会出现。

厌氧生物处理过程中，大量产气会产生类似好氧处理的曝气作用，从而形成气泡问题。如果负荷突然升高导致产气量增加，也可能出现泡沫问题。

当废水从厌氧塔的底部进入时，会在污泥层和填充层上漂浮。在这个过程中，有机化合物与污泥层颗粒物污泥和填充生物膜上的微生物接触并发生反应。这些微生物在此扮演着重要的角色，它们分解有机化合物，产生出沼气。

为了确保厌氧塔的正常运行，pH和温度需要经过精心调节。经过处理的污水进入反应器底部的混合区，与外部循环系统的泥浆水溶液充分混合后，进入粒状污泥膨胀床区域进行COD生化溶解。在这个区域，COD容量负荷极高，大部分未被溶解的COD都在这里被溶解，同时产生了大量的沼气。沼气浆产生气泡的过程会对液体产生提升作用，导致沼液、污泥和水合物上升。当填充物区域溶解后，溶液会到达反应器分离器顶部的三个相，在这里，沼气浆液与泥水被分离并输出，进一步处理系统中的问题。